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年度归档: 2018年

实现TFCE校正的三种方法

作者 Alex发布于 2018-12-162019-03-03分类 MRI标签 FWE、Permutation、TFCE实现TFCE校正的三种方法有11条评论

TFCE(Threshold Free Cluster Enhancement)是一种比较流行的(增强)多重比较校正方法,这里介绍三种实现TFCE校正的方法,包括FSL的randomise命令、基于SPM的TFCE和pTFCE插件。

在GIFT中标记成分

作者 Alex发布于 2018-12-152018-12-15分类 MRI标签 component labelling、GIFT、ICA在GIFT中标记成分有5条评论

总结GIFT工具包中提供的与标记独立成分有关的三个小工具。标记成分是为了找到我们感兴趣的成分,为后续分析做准备。

CAT拾遗(2)

作者 Alex发布于 2018-12-15分类 MRI标签 CAT、Morphometry、SPMCAT拾遗(2)有10条评论

总结如何使用CAT进行基于皮层的形态学分析(Surface-Based Morphometry),包括估计皮层指标(厚度、沟回指数、沟深、复杂度等)、平滑和重采样、统计分析和可视化。

使用xjview进行可视化

作者 Alex发布于 2018-11-22分类 MRI标签 visualization于使用xjview进行可视化留下评论

使用xjview进行可视化的基本操作总结。

使用IVA-GL和GIG-ICA进行独立成分分析

作者 Alex发布于 2018-10-272018-10-27分类 MRI标签 ICA于使用IVA-GL和GIG-ICA进行独立成分分析留下评论

IVA-GL和GIG-ICA是GIFT (http://mialab.mrn.org/software/gift/) 提供的两种分析fMRI数据的算法,相比于经典做法,这两种算法在理论上能更好地分离个体变异。

种子点功能连接的AFNI/FSL实现

作者 Alex发布于 2018-10-06分类 MRI标签 seed-based functional connectivity、SFC种子点功能连接的AFNI/FSL实现有1条评论

种子点功能连接指某个脑区(seed region)的平均时间序列与全脑每个体素时间序列的皮尔逊相关系数(Pearson correlation),用于刻画该脑区与其他脑区的活动一致性。如何使用AFNI和FSL计算种子点功能连接呢?

CAT拾遗(1)

作者 Alex发布于 2018-10-04分类 MRI标签 VBM、voxel-based morphometry于CAT拾遗(1)留下评论

总结一下最近学习的关于CAT(Computational Anatomy Toolbox)的一些小知识点,包括平滑核大小的影响、使用置换检验和 TFCE 进行统计分析、ROI分析、形变分析、估计不同组织总体积等。

比较GIFT和Melodic的差异

作者 Alex发布于 2018-09-08分类 MRI标签 fMRI、ICA于比较GIFT和Melodic的差异留下评论

GIFT和Melodic是最常用的两个进行独立成分分析的软件包,那么这两个工具得到的结果是否有差异呢?这里用一个例子来比较GIFT和Melodic的差异。

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