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分类: MRI

使用FSL进行Boundary-Based Registration

作者 Alex发布于 2017-09-272017-09-27分类 MRI标签 registration、segmentation于使用FSL进行Boundary-Based Registration留下评论

Boundary-Based Registration (BBR) 指的根据灰白质的边界信号差进行配准,常用于T1加权结构像和BOLD功能像的配准。FSL中提供了一个进行BBR的工具epi_reg,它实际上调用了fast和flirt这两个子工具,这里介绍一下使用FSL进行BBR的具体步骤。

比较FSL/FreeSurfer/ANTs的脑提取工具

作者 Alex发布于 2017-09-26分类 MRI标签 brain extraction、skull removal于比较FSL/FreeSurfer/ANTs的脑提取工具留下评论

以一个数据为例,介绍一下FSL的Bet, FreeSurfer的recon-all以及ANTs的antsBrainExtraction.sh三种脑提取工具的用法及其表现。

使用ANTs构建组模板

作者 Alex发布于 2017-09-25分类 MRI标签 group analysis、standard space、template于使用ANTs构建组模板留下评论

在进行fMRI组分析的时候,需要将个体图像配准到一个参考模板上,比如MNI152模板。当研究对象是儿童、老人或者病人的时候,由于在大脑结构上的巨大差异,构建一个特异于研究对象的模板能提高配准的准确性。这里介绍使用ANTs构建模板的基本方法。

AFNI和FSL常用命令汇总

作者 Alex发布于 2017-09-232017-09-23分类 MRI于AFNI和FSL常用命令汇总留下评论

在fMRI数据处理中,有一些常用功能可以同时使用AFNI和FSL来实现,这里集中整理一下,包括:截取时间点、时间层校正、头动校正、滤波、空间平滑、提取ROI平均时间序列、重采样空间分辨率等。

如何提取感兴趣区

作者 Alex发布于 2017-09-22分类 MRI标签 mask、region of interest、ROI于如何提取感兴趣区留下评论

提取感兴趣区(Region of Interest, ROI)即找到我们感兴趣的大脑区域并生成相应的mask文件。这里介绍如何根据三维坐标提取球形ROI和根据分区模板提取特定分区的方法。

使用Melodic进行独立成分分析

作者 Alex发布于 2017-09-21分类 MRI标签 brain network analysis、dual regression、melodic于使用Melodic进行独立成分分析留下评论

独立成分分析(ICA)是一种常用的脑网络分析方法。这里简单介绍如何使用Melodic进行单被试和多被试(结合双回归)独立成分分析,以及如何查看ICA的结果。

使用ANTs进行MRI图像配准

作者 Alex发布于 2017-09-202017-09-23分类 MRI标签 normalization、registration、standard space使用ANTs进行MRI图像配准有2条评论

除了原始数据本身的质量,配准大概是fMRI预处理中最影响数据质量的步骤吧。这里主要介绍了如何使用ANTs (Advanced Normalization Tools)进行结构像和功能像的配准,也包括如何安装ANTs和检查配准效果。

使用BET对结构像进行颅骨剥离

作者 Alex发布于 2017-09-19分类 MRI标签 brain extraction、FSL、功能像、结构像于使用BET对结构像进行颅骨剥离留下评论

颅骨剥离是fMRI数据分析中常见的步骤,这里介绍了结构像和功能像的区别、颅骨剥离的作用,使用Bet命令进行颅骨剥离以及如何检查颅骨剥离的效果。

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