学习记录

如何提取感兴趣区

提取感兴趣区(Region of Interest, ROI)即找到我们感兴趣的大脑区域并生成相应的mask文件。这里介绍如何根据三维坐标提取球形ROI和根据分区模板提取特定分区的方法。

独立成分分析(ICA)是一种常用的脑网络分析方法。这里简单介绍如何使用Melodic进行单被试和多被试(结合双回归)独立成分分析，以及如何查看ICA的结果。

除了原始数据本身的质量，配准大概是fMRI预处理中最影响数据质量的步骤吧。这里主要介绍了如何使用ANTs (Advanced Normalization Tools)进行结构像和功能像的配准，也包括如何安装ANTs和检查配准效果。

颅骨剥离是fMRI数据分析中常见的步骤，这里介绍了结构像和功能像的区别、颅骨剥离的作用，使用Bet命令进行颅骨剥离以及如何检查颅骨剥离的效果。

fMRI数据分析的第一步往往是将格式为dcm或IMA的原始数据转换成nii或nii.gz的格式。这里介绍如何使用MRIcron里的dcm2nii命令将dcm文件转换成nii格式，也包括如何安装MRIcron.

AFNI和FSL是两款比较常用的fMRI数据分析软件，这里介绍一下如何在Ubuntu系统下安装AFNI和FSL，完全按照软件官网教程的步骤来安装，尽可能确保正确的安装了最新版的软件。

在fMRI数据处理中，常需要编辑脚本。Vim是一款常用的文本编辑器，特别是需要远程登录服务器处理数据的时候。这里介绍Vim编辑器的基本用法，包括新建、编辑、保存、退出脚本以及查找功能等。

学习一些 Linux 命令行的基本知识对于安装和使用fMRI数据分析软件是必须的。这里介绍关于命令行的4个重要的概念，即什么是命令行、命令、路径变量和SHELL.