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在Ubuntu本地安装WordPress

作者 Alex发布于 2017-09-282023-05-25分类 Web标签 WordPress于在Ubuntu本地安装WordPress留下评论

简单介绍如何在Ubuntu下本地安装WordPress,包括安装Apache、MySQL、PHP和WordPress。

使用FSL进行基于边界的配准

作者 Alex发布于 2017-09-272023-06-01分类 MRI标签 registration、segmentation于使用FSL进行基于边界的配准留下评论

基于边界的配准(Boundary-Based Registration, BBR)指的根据灰白质的边界信号差进行配准,常用于T1加权结构像和BOLD功能像的配准。这里介绍一下使用FSL进行BBR的具体步骤。

比较FSL/FreeSurfer/ANTs的脑提取工具

作者 Alex发布于 2017-09-262023-05-29分类 MRI标签 brain extraction、skull stripping于比较FSL/FreeSurfer/ANTs的脑提取工具留下评论

以一个数据为例,介绍一下FSL的Bet,FreeSurfer的recon-all以及ANTs的antsBrainExtraction.sh三种脑提取工具的用法及其表现。

使用ANTs构建组模板

作者 Alex发布于 2017-09-252023-05-23分类 MRI标签 ANTs、template于使用ANTs构建组模板留下评论

在进行fMRI组分析的时候,需要将个体图像配准到一个参考模板上,比如MNI152模板。当研究对象是儿童、老人或者病人的时候,由于在大脑结构上的巨大差异,构建一个特异于研究对象的模板能提高配准的准确性。这里介绍使用ANTs构建模板的基本方法。

AFNI和FSL常用命令汇总

作者 Alex发布于 2017-09-232023-05-18分类 MRI标签 AFNI、fMRI、FSL于AFNI和FSL常用命令汇总留下评论

在fMRI数据处理中,有一些常用功能可以同时使用AFNI和FSL来实现,这里集中整理一下,包括:截取时间点、时间层校正、头动校正、滤波、空间平滑、提取ROI平均时间序列、重采样空间分辨率等。

如何提取感兴趣区

作者 Alex发布于 2017-09-222023-05-19分类 MRI标签 FSL、mask、ROI于如何提取感兴趣区留下评论

提取感兴趣区(Region of Interest, ROI)即找到我们感兴趣的大脑区域并生成相应的mask文件。这里介绍如何根据三维坐标提取球形ROI和根据分区模板提取特定分区的方法。

使用Melodic进行独立成分分析

作者 Alex发布于 2017-09-212023-05-19分类 MRI标签 dual regression、FSL、ICA于使用Melodic进行独立成分分析留下评论

独立成分分析(ICA)是一种常用的脑网络分析方法。这里简单介绍如何使用Melodic进行单被试和多被试(结合双回归)独立成分分析,以及如何查看ICA的结果。

使用ANTs进行MRI图像配准

作者 Alex发布于 2017-09-202023-05-12分类 MRI标签 normalization、registration、standard space使用ANTs进行MRI图像配准有3条评论

除了原始数据本身的质量,配准大概是fMRI预处理中最影响数据质量的步骤吧。这里主要介绍如何使用ANTs(Advanced Normalization Tools)进行结构像和功能像的配准,也包括如何安装ANTs和检查配准效果。

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