《使用SUIT分析小脑数据》有40条评论

  1. 老师 可以分享一下这个SUIT工具包吗 官网下载下来被破坏了 感恩感谢了

  2. 老师您好,我在第一步segmentation&isolation报错:
    Undefined function ‘vararginoptions’ for input arguments of type ‘cell’.
    In file “D:\matlab2013b\toolbox\spm12\toolbox\suit\suit_isolate_seg.m” (???), function “suit_isolate_seg” at line 84.
    In file “D:\matlab2013b\toolbox\spm12\toolbox\suit\suit_isolate_seg.m” (???), function “suit_isolate_seg” at line 202.
    您知道是什么原因吗?

  3. 老师,您好,我看在每一步预处理的过程中,每一名被试的结果都要分开输进去,如果有上百例被试的话,在数据重采样到 SUIT 模板空间这一步的时候,要点上千次,太麻烦了,请问老师有批处理的代码吗

    1. 确实很麻烦,不过我并没有批处理代码,因为我自己对suit了解也很少,不过我记得suit官方教程上是有介绍具体调用的函数,你可以参考一下函数用法。

  4. 老师,您好。我按照您给的教程做完小脑预处理之后,接下来要提取小脑分区的灰质体积值,先在suit目录下新建文件夹atlas,将Cerebellum-SUIT.nii放进去,然后选择该模板,运行,一直报下面的错误:
    12-Aug-2022 09:51:05 – Failed ‘Summarize statistics by lobules’
    错误使用 vararginoptions (line 44)
    unknown option:regionname
    这是模板有问题吗?可不可以将教程里用的模板分享给我?

    1. 也许是suit版本的问题,我很久没用过这个工具包,我把我以前用的版本发给你试试。注意查收邮箱。

      1. 我也遇到了相似的问题,可不可以再分享一次您使用的版本啊。谢谢您。

        老师,您好。我按照您给的教程做完小脑预处理之后,接下来要提取小脑分区的灰质体积值,先在suit目录下新建文件夹atlas,将Cerebellum-SUIT.nii放进去,然后选择该模板,运行,一直报下面的错误:
        12-Aug-2022 09:51:05 – Failed ‘Summarize statistics by lobules’
        错误使用 vararginoptions (line 44)
        unknown option:regionname
        这是模板有问题吗?可不可以将教程里用的模板分享给我

    2. 我也遇到了同样的问题,不知道您是怎么解决的?
      Failed ‘Summarize statistics by lobules’

  5. 老师,您好!我下载了suit-3.5版本,放入spm12的toolbox之后,在matlab里打开spm,toolbox界面没有显示SUIT,请问这是什么原因,如何解决这个问题?谢谢您!

    1. 我不太清楚,你的suit文件夹的名字是suit吗?是不是还有其他字符?

      1. 老师您好!我下载工具包并解压之后是suit-3.5

  6. 老师您好,请问您计算ROI分区体积用的是“Lobule-SUIT.nii”模板,还是“Cerebellum-SUIT.nii”模板,如果是前者的话,可以分享一下该模板吗?我在网上各处都没有找到这个模板了。

    1. 我很久没用过SUIT这个包了,从PDF文档里看来,用的是Cerebellum-SUIT.nii。
      另外,我更倾向于用CAT12来做,因为比较新的CAT12包里也有SUIT的小脑分区。我并不觉得SUIT包的小脑分析更准确。

  7. 老师,请问您计算ROI分区体积,最后得到的nanmean值表示的是灰质体积比例,请问这个比例谁比谁的比例呢

    1. 这个比例指的是一个体素的灰质比例,比如,0.5表示一个体素中有50%是灰质。根据体素大小和脑区体素个数,也可以把这个灰质比例换算成绝对体积(mm^3)。

      1. 老师,如果想获取脑区的灰质体积是不是用nanmean这个比列乘以s脑区size就可以得到这个脑区的灰质体积了?

  8. 老师您好,请问在Reslice的步骤可以应用到fMRI数据上吗?

    1. 我觉得应该可以,只要你的fMRI数据已经对齐到T1数据上了,因为suit本身是基于SPM,所以我觉得操作应该是相似的。不过我并没有测试过。

  9. 解压后,将suit⽂件夹放在SPM12的toolbox⽬录下了,但是打开SPM后,在SPM的toolbox下选择看不到suit?请问这是什么原因,下载的suit-3.5版本

  10. 请问老师,我在完成图像预处理之后,对图像分割怎么可以批处理,我放了多个被试结果,他只运行了第一个,请问怎么处理呢

    1. 也许只能使用脚本来实现多被试的分析。我写了一个简单的教程,介绍如何通过脚本使用SPM的分析模块:https://act-ask.cn/t/topic/390

      如果你对Matlab代码有基本的了解,应该就没啥问题。

      1. 好的,我在按您的教程运行的时候,报错如下,我该怎么解决呢
        u_a_rrHC003_seg1: atemp_rrHC003_seg1 1,1,1
        17-Apr-2024 21:33:02 – Failed ‘Reslice into SUIT space using Dartel flowfield’
        无法执行赋值,因为左侧的大小为 71×48,右侧的大小为 141×95。
        In file “/FileSys/shilinfeng/spm12/toolbox/suit/suit_reslice_dartel.m” (???), function “suit_reslice_dartel” at line 115.

        The following modules did not run:
        Failed: Reslice into SUIT space using Dartel flowfield

        1. 你这个是用图形界面做的分析,还是代码?光从报错信息,我也无法判断是什么问题。

        2. 我一般在学习一个新软件的时候,会先跑一个被试,把整个流程跑通,确保操作上没问题。如果跑一个被试没问题,但是多被试有问题,也可能是某些被试数据不太一样。

          1. 这个是图形界面做的,我在图形界面Reslice into SUIT space using Dartel flowfield这一步只放一个被试就没有问题,如果我放多个被试就会报如上的错误

          2. 我跑一个被试没有报错,但是同时在一个界面放多个被试就会报错

            1. 抱歉,你这两条评论被网站系统当成垃圾评论了,所以我没有收到提醒。不过对于这个问题我确实没有遇到过,根据报错信息也许可以检查一下HC003数据是否有啥不同之处。

  11. 错误使用 suit_ROI_summarize
    Atlas file: D:\Functionsoftware\spm12\toolbox\suit\templates\SUIT.nii,1 not found.
    You may have to download github/DiedrichsenLab/cerebellar_atlases,
    or set the location of the atlas directory in suit_defaults.m
    In file “D:\Functionsoftware\spm12\toolbox\suit\suit_ROI_summarize.m” (???), function “suit_ROI_summarize” at line 69.
    In file “D:\Functionsoftware\spm12\toolbox\suit\suit_run_ROI_summarize.m” (???), function “suit_run_ROI_summarize” at line 11.

    The following modules did not run:
    Failed: Summarize images by ROIs (atlas)
    你好,最后一个步骤提取数值报错,官网下载的软件,是否提示还需要下载什么软件包?

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