FSLeyes是FSL 5.0.10版本中新增加的一个查看图像的工具,以替代以前的 FSLview 。这里以Yeo七个脑网络的模板为例,介绍一下FSLeyes中如何自定义颜色查找表(Lookup Table, LUT)。
创建WordPress子主题
WordPress通过安装不同的主题来改变网站的外观和功能。对于某个选定的主题(父主题),通过创建该主题的子主题可以对网站外观和功能做一些调整。如果直接去修改父主题的源代码,一旦升级父主题,这些修改将丢失。这里简单介绍创建子主题的步骤。
在Ubuntu本地安装WordPress
简单介绍如何在Ubuntu下本地安装WordPress,包括安装Apache、MySQL、PHP和WordPress。
使用FSL进行基于边界的配准
基于边界的配准(Boundary-Based Registration, BBR)指的根据灰白质的边界信号差进行配准,常用于T1加权结构像和BOLD功能像的配准。这里介绍一下使用FSL进行BBR的具体步骤。
比较FSL/FreeSurfer/ANTs的脑提取工具
以一个数据为例,介绍一下FSL的Bet,FreeSurfer的recon-all以及ANTs的antsBrainExtraction.sh三种脑提取工具的用法及其表现。
使用ANTs构建组模板
在进行fMRI组分析的时候,需要将个体图像配准到一个参考模板上,比如MNI152模板。当研究对象是儿童、老人或者病人的时候,由于在大脑结构上的巨大差异,构建一个特异于研究对象的模板能提高配准的准确性。这里介绍使用ANTs构建模板的基本方法。
AFNI和FSL常用命令汇总
在fMRI数据处理中,有一些常用功能可以同时使用AFNI和FSL来实现,这里集中整理一下,包括:截取时间点、时间层校正、头动校正、滤波、空间平滑、提取ROI平均时间序列、重采样空间分辨率等。
如何提取感兴趣区
提取感兴趣区(Region of Interest, ROI)即找到我们感兴趣的大脑区域并生成相应的mask文件。这里介绍如何根据三维坐标提取球形ROI和根据分区模板提取特定分区的方法。