重定向(Redirection)用于指定输入和输出的文件,管道(Pipe)用于连接多个命令,过滤器(Filters)指的是对纯文本进行过滤操作的一些命令。这三者往往结合在一起使用。
使用FSL和TrackVis分析DTI数据
总结一下使用FSL和TrackVis进行DTI数据分析的基本方法,包括涡流/头动校正、张量拟合和确定性纤维束追踪。
解析antsBrainExtraction.sh脚本
antsBrainExtraction.sh是ANTs提供的一个进行颅骨剥离(也称为脑提取)的Bash脚本,通过学习这个脚本,了解进行颅骨剥离的必要步骤。
构建组水平mask的三种方法
在fMRI数据分析中,mask指的是只包含0和1的MRI图像,1表示感兴趣区域,0表示不感兴趣的区域。组水平mask就是一组被试的mask的交集,用于指示一组被试共同感兴趣的区域。构建组水平mask是非常简单的操作,这里介绍用FSL和AFNI构建组水平mask的三种方法。
常用Bash技巧总结2
总结最近学习的一些Bash技巧,包括整数和浮点数运算、间接变量引用、大小写字母转换、使用find查找文件并执行命令、使用sed进行文本替换。
解析fsl_motion_outliers脚本
fsl_motion_outliers是FSL提供的一个进行头动校正、计算头动指标(dvars, fd, refrms)并检测离群值(outlier)的Bash脚本,我通过学习这个脚本,试图了解如何在脚本中解析参数以及如何计算常见头动指标。
常用Bash技巧总结
总结自己在实践中经常用到的一些Bash技巧,包括使用xargs传递参数、命令替换、定义和索引数组、操作行和列、向脚本或函数传递参数等。
使用ANTs标记脑区
尽管人类大脑在形态上变异很大,研究者们仍然试图按照某种标准将大脑细分为若干个脑区。标记脑区的方法大概可以分为手工标记和自动标记。手工标记非常耗时,ANTs提供了一种自动标记的方法。在以往手工标记结果的基础上,自动标记新的数据。